Sejarah program studi PGSD FKIP Unpatti diawali pada tahun 1992, Rektor Universitas Pattimura mengirimkan surat permohonan pembukaan program studi PGSD kepada Direktur Jenderal Pendikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Pada tanggal 20 Agustus 1992 keluarlah ijin Pembentukan Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar Pada tiga puluh satu Lembaga Pendidikan Tenaga kependidikan LPTK Negeri dengan nomor keputusan No. 400/B/DIKTI/1992. Dengan demikian FKIP Unpatti merupakan salah satu Perguruan Tinggi yang diberi tugas untuk menyelenggarakan Program D-II PGSD, sehingga pada bulan Agustus tahun 1992 dibuka program D-II PGSD tersebut FKIP Unpatti. Program ini terutama dimaksudkan untuk memberikan pendidikan prajabatan guru SD bagi para mahasiswa yang berasal dari input SLTA yang belum bertugas sebagai PNS. Pada tahun pertama penyelenggaraan program ini, Program D-II PGSD telah menerima mahasiswa yang berasal dari SPG, SGO, SMA, dan SMTA yang sederajat. Selanjutnya dalam rangka memenuhi kebutuhan peningkatan mutu guru dan pendidikan di SD, pada tahun 2006 atas inisiatif Drs. Zainudin Notanubun, M.Pd dan para dosen PGSD dilakukan proses pengusulan pembukaan Program Studi S1 PGSD ke Dirjen Dikti. Setelah dilakukan rapat koordinasi antara Dirjen Dikti dengan Universitas Pattimura dan pihak yang terkait maka pada tahun 2006 dibukalah Program Studi S1 PGSD FKIP Unpatti. Selanjutnya secara resmi Dirjen Dikti menerbitkan Surat Keputusan Nomor: No 3341/D/T/2006 tanggal 01 September yang menetapkan bahwa Universitas Negeri Pattimura diberikan ijin untuk membuka Program Studi S1 PGSD. Program ini memberikan pendidikan kepada guru-guru SD yang sudah memiliki ijazah D-II PGSD agar memiliki kualifikasi pendidikan jenjang S1 PGSD. Seiring dengan dilaksanakannya Standar Nasional Pendidikan yang menggariskan bahwa tenaga pendidik di semua satuan pendidikan, khususnya SD, harus berpendidikan sarjana (S-1) maka sejak tahun akademik 2006/2007 Prodi PGSD FKIP Unpatti hanya melaksanakan pendidikan akademik Strata satu.
